Samurai deeper KyoJapan r 1604, fire r efter den blodige borgerkrig sluttede med det store og altafgrende slag ved Sekigahara. Her mder vi den fredselskende og enfoldige omvandrende medicinslger, Kyoshiro, som har slet flge med dusrjgeren, Yuya, en handlekraftig ung kvinde, der lever for at hvne sin brors dd. Ved et tilflde opdager Yuya, at Kyoshiro har et andet jeg, Dmonje Kyo, den legendariske og uovervindelige samurai, som har drbt 1000 mand. Sammen begiver de sig